排卵誘発剤は卵巣を刺激し、卵巣内にある卵胞の発育を促進する作用があります。大きな副作用として、以下の２つが挙げられると思います。

１：卵巣過剰刺激症候群（OHSS）
排卵誘発剤により卵巣が過剰な刺激を受けた結果おこるものです。場合によっては、命に関わったり、長い入院が必要になることがあります。
卵巣が急速に増大する、お腹の中に多量の水がたまる（腹水）、胸の中に水がたまる（胸水）などのことが体の中におこります。
その結果、急激な体重増加、尿の量や回数が減少する、お腹がふくれてくる、お腹が痛い、呼吸が苦しいなどの症状が現れます。
重篤な状態になると、血栓症、脳梗塞、卵巣破裂、卵巣茎捻転、肺水腫が引き起こされることがあります。

２：多胎（双子、三つ子、四つ子など）
排卵誘発剤により複数の排卵が起こるため、多胎妊娠の可能性が高くなります。

上に挙げたことは大変重大なことなので、婦人科医が排卵誘発剤を使用する際には、これらのことが起こらないようにするために、卵巣の状態を確認しながら、適切な量を使用します。