月経開始後、卵巣の中で卵胞が大きくなり、排卵後は卵胞は黄体に変化します。黄体から黄体ホルモンが分泌されます。この黄体ホルモンは子宮の中の膜（子宮内膜）に作用し、子宮内膜を妊娠しやすい環境に変化させます。黄体ホルモンには体温を上昇させる作用もあるため、黄体ホルモンが分泌されている時には体温が上昇します。

高温期が短い場合、黄体ホルモンの分泌が不十分なことがあります。妊娠しにくい原因となっている可能性もあるため、ホルモンの検査を受けることをお勧めします。検査結果によっては、黄体ホルモンの補充や排卵誘発剤の使用を勧められると思います。